Pierwsza wzmianka o kaplicy przydrożnej p. w. św. Krzyża, stojącej na miejscu obecnego kościoła, pojawiła się w dokumentach miejskich w 1510 roku. Piętnaście lat później Marta Moeller, wdowa po rajcy warszawskim, ufundowała na miejscu kaplicy drewniany kościółek pod tym samym wezwaniem, który pełnił wówczas rolę filii kolegiaty św. Jana. W 1626 roku biskup Jan Wężyk zatwierdził utworzenie parafii świętokrzyskiej obejmującej Dziekankę, Krakowskie Przedmieście, Nowy Świat, Solec, Grzybów i Leszno; jej proboszczem został ks. Baltazar Zembrzuski.

Na początku grudnia 1653 roku biskup poznański Kazimierz Florian Czartoryski wydał specjalny akt, na mocy którego „oddał kościół św. Krzyża na wieczne czasy” Zgromadzeniu Księży Misjonarzy, którego pierwsi przedstawiciele przybyli dwa lata wcześniej do Polski na zaproszenie królowej Marii Ludwiki Gonzagi.

W kwietniu 1682 roku ówczesny proboszcz Parafii Świętego Krzyża, ks. Bartłomiej Tarło, wypełniając wolę przełożonych Zgromadzenia, rozpoczął prace nad wzniesieniem murowanego kościoła według projektu nadwornego architekta królewskiego Józefa Szymona Bellottiego. Fundatorami byli opat Kazimierz Szczuka oraz prymas Michał Radziejowski. Dobudowaną później fasadę, którą zdobią figury autorstwa Jana Jerzego Plerscha, zaprojektował Jakub Fontana. Kamień węgielny pod budowę nowej świątyni pod nieobecność króla Jana III Sobieskiego położył królewicz Jakub w otoczeniu dworu, licznie zgromadzonej szlachty i mieszkańców miasta. Po jedenastu latach od tego wydarzenia sufragan wileński, ks. biskup Jan Kirszenstein, konsekrował dolny kościół, zaś trzy lata później, 14. października 1696 roku, prymas Radziejowski, w obecności królowej Marii Kazimiery konsekrował kościół górny i ołtarz główny. Wydarzenie to upamiętnia tablica z czarnego marmuru z łacińską inskrypcją wmurowana w ścianę północnego ramienia transeptu. W 1698 roku wykonano sześć bocznych ołtarzy, a także kutą z żelaza ambonę oraz kunsztowną balustradę biegnącą dokoła górnego gzymsu. Na początku lat trzydziestych XVIII stulecia umieszczono w kościele organy wykonane w warszawskiej firmie Wawrzyńca Zadorskiego, a w 1754 roku zakończono wznoszenie dwóch wież kościelnych zaprojektowanych przez Józefa Fontanę, w których w 1792 roku zawieszono cztery dzwony. Fakt ten uważa się za ostateczne ukończenie budowy kościoła, która z przerwami trwała sto dziesięć lat. Kościół prezentuje się dziś w swym pierwotnym kształcie, mimo wielu dziejowych zawirowań, a także ogromnych zniszczeń wojennych.

W 1858 roku przed kościołem ustawiono cementowy pomnik przedstawiający Chrystusa niosącego krzyż, wykonany w warsztacie Ferrante Marconiego według projektu Andrzeja Pruszyńskiego (fundatorem był hr. Andrzej Zamoyski). Po kilku latach jednak na pomniku pojawiły się pierwsze oznaki niszczenia, a w 1887 roku stał się on obiektem ataku człowieka niezrównoważonego psychicznie, który utrącił mu rękę. Po tym incydencie zainicjowano społeczną zbiórkę pieniędzy na wykonanie nowego pomnika – tym razem z trwalszego materiału. W 1889 roku polski rzeźbiarz Pius Weloński wykonał w Rzymie odlew pomnika z brązu, który ustawiono w tym samym miejscu na cokole z czarnego granitu ze złoconym napisem „Sursum Corda”. Cementową figurę po rekonstrukcji przewieziono do siedziby rodowej Lubomirskich w Kruszynie, gdzie przez wiele lat zdobiła ich rodzinny grobowiec na miejscowym cmentarzu. Obecnie znajduje się przed kruszyńskim kościołem parafialnym św. Macieja Apostoła.

W bocznej kaplicy usytuowanej po lewej stronie świątyni znajduje się słynący łaskami obraz świętego Judy Tadeusza, patrona spraw beznadziejnych, a także opiekuna szpitali i personelu medycznego. Niewielkiego formatu wizerunek pędzla Pii Górskiej z 1938 roku, ustawiony na tle obrazu Chrystusa, przedstawia świętego w zielono-czerwonej szacie oburącz trzymającego mandylion. W każdy wtorek o godz. 17.30 przed obrazem oraz wystawionym Najświętszym Sakramentem odbywa się Nowenna do świętego Judy, a następnie w ołtarzu głównym zostaje odprawiona Msza święta w intencji wiernych.

W uznaniu zasług dla Kościoła i Narodu papież Jan Paweł II w 2003 roku podniósł kościół Świętego Krzyża do godności bazyliki mniejszej.

Szczegółowe opisanie wszystkich znaczących wydarzeń, których świadkiem lub uczestnikiem stał się w ciągu wieków kościół przy Krakowskim Przedmieściu, wymagałoby osobnej monografii. Warto jednak przywołać te fakty, które - stanowiąc odzwierciedlenie losów Narodu - w szczególny sposób zapisały się w burzliwych dziejach miasta i świątyni.

W pierwszą rocznicę uchwalenia Konstytucji 3 Maja (1792 r.) w kościele św. Krzyża odbyła się uroczyste posiedzenie Sejmu Rzeczypospolitej z udziałem króla Stanisława Augusta, senatorów i ambasadorów, które na długo zapadło w pamięć mieszkańców Warszawy. W świątyni ustawiono tron dla monarchy oraz kunsztownie zdobione krzesła dla członków senatu i dyplomatów, a także ławy dla posłów, delegatów województw i królewskich urzędników. Do zajęcia przynależnych miejsc oraz wejścia do kościoła uprawniały ozdobne bilety różniące się kolorami.

Wczesnym rankiem pomiędzy Zamkiem Królewskim a kościołem zajęły miejsca wojskowe regimenty uformowane w szpaler. W samym kościele pełniła wartę kawaleria narodowa, a wokół tronu – członkowie Korpusu Kadetów w paradnych mundurach pod dowództwem księcia Adama Kazimierza Czartoryskiego. Wszystkie damy biorące udział w uroczystości wystąpiły w białych sukniach przepasanych pąsowymi wstążkami.

Kilka minut po godzinie dziewiątej do świątyni przybył Stanisław August witany przez biskupa warszawskiego i poznańskiego, Antoniego Onufrego Okęckiego oraz marszałków – Stanisława Małachowskiego i Kazimierza Nestora Sapiehę, którzy następnie poprowadzili monarchę do tronu. Wkrótce potem z uroczystym posłaniem do króla i Narodu wystąpił marszałek Małachowski. Podczas mszy świętej koncelebrowanej przez biskupa Okęckiego porywające kazanie nawiązujące do wydarzeń sprzed roku wygłosił biskup cynneński, Antonin Malinowski. Uroczystość w kościele św. Krzyża zakończyło wykonanie przez 222 śpiewaków i muzyków utworu „Te Deum” Giovanniego Paisiello, któremu towarzyszył honorowy salut armatni.

Z kościoła król w otoczeniu dostojników świeckich i duchownych, wojska i ludu Warszawy udał się w Aleje Ujazdowskie w miejsce, w którym prymas Michał Jerzy Poniatowski z udziałem biskupa Adama Naruszewicza dokonał uroczystego poświęcenia kamienia węgielnego pod budowę świątyni Opatrzności Bożej.

Po wybuchu insurekcji kościuszkowskiej księża misjonarze ofiarowali wszystkie dobra kościelne na potrzeby zbrojnej walki o niepodległość Ojczyzny, czynnie wspierali także działania prowadzone przez oddziały narodowe. Na wieść o zwycięstwie pod Racławicami 17. kwietnia 1794 roku zerwał się do walki lud Warszawy. Tego dnia wczesnym rankiem pułk piechoty wojsk polskich dowodzony przez pułkownika Filipa Haumana wyruszył z koszar ujazdowskich pragnąc wspomóc walczące na Starym Mieście oddziały milicji powstańczej. Polscy piechurzy stosunkowo łatwo przedarli się przez linie obronne Rosjan na Placu Trzech Krzyży i na Nowym Świecie. Dopiero pomiędzy kościołem św. Krzyża a Pałacem Kazimierzowskim napotkali na silny opór przeciwnika. O rozstrzygnięciu starcia na korzyść Polaków przesądził ostrzał pozycji rosyjskich prowadzony z wież kościelnych. W trakcie wielogodzinnych walk artyleria rosyjska uszkodziła fasadę świątyni, a także schody, podjazd i balustradę.

W sierpniu, po odstąpieniu od Warszawy wojsk rosyjskich i pruskich, w kościele świętokrzyskim została odprawiona uroczysta dziękczynna msza święta, w której wziął udział Naczelnik Tadeusz Kościuszko oraz tysiące mieszkańców stolicy i chłopi z wsi podwarszawskich.

Uroczystość sprowadzenia zwłok księcia Józefa Poniatowskiego do Warszawy, które dotychczas spoczywały w kościele św. Jana w Lipsku, odbyła się 9. września 1814 r. Jej szczegółowy program został opracowany przez feldmarszałka Michaiła Barclay`a de Tolly, naczelnego wodza armii rosyjskiej, jednego z bohaterów kampanii 1812 roku oraz generałów polskich.

W oczekiwaniu na kondukt żałobny ze zwłokami księcia prowadzony przez jego adiutanta, gen. Ludwika Kamienieckiego, już od wczesnego rana artyleria polska i rosyjska na przemian oddawały honorowe saluty armatnie. Około południa oddział piechoty i regiment jazdy polskiej udały się w okolice ówczesnej wsi Wola, gdzie połączyły się z konduktem, towarzysząc mu od tej chwili w czasie przejazdu przez ulice Warszawy. Na całej trasie przejeżdżającym honory oddawała piechota rosyjska ustawiona w szpaler. Przy rogatkach miejskich trumnę uroczyście powitał prezydent miasta, Stanisław Węgrzecki. Po jego wystąpieniu pochód ruszył ulicami Orlą, Leszno, Długą, Miodową i Senatorską, a następnie przy biciu w dzwony skręcił w Krakowskie Przedmieście i podążył do kościoła św. Krzyża. Tam trumnę ustawiono na katafalku, przy którym wartę zaciągnęło sześciu polskich oficerów. Płomienne przemówienie wygłosił generał Michał Sokolnicki, który powiedział, że „oddaje zwłoki księcia Ojczyźnie, obywatelom, wojsku i rodzinie”.

Następnego dnia ponownie przez całe przedpołudnie oddawano saluty armatnie. Punktualnie o godzinie 12.00 rozpoczęła się uroczysta msza żałobna, którą koncelebrował biskup Franciszek Zambrzycki. W czasie mszy wystąpił ks. Jan Paweł Woronicz, radca stanu i dziekan katedry warszawskiej, sławiąc czyny i zasługi księcia. Po zakończeniu nabożeństwa, które trwało pięć godzin, wyżsi oficerowie Kazimierz Dziekoński, Jan Kozietulski, Jan Tomicki, Józef Dwernicki, Aleksander Chodkiewicz, Antoni Giełgud i Aleksander Oborski znieśli trumnę do kościoła dolnego. Za trumną zeszli także książę Adam Kazimierz Czartoryski i ordynat Stanisław Kostka

W dniu 19. października 1813 roku w czasie Bitwy Narodów pod Lipskiem dowodzący oddziałami polskimi książe Józef Poniatowski, marszałek Francji, minister wojny Księstwa Warszawskiego osłaniał odwrót wojsk napoleońskich. Wielokrotnie ranny, słabnący z upływu krwi, namawiany był przez towarzyszących mu oficerów do chwilowego zdania dowództwa. Wypowiedział wówczas pamiętne słowa, które - obok wielkich zasług dla Ojczyzny - zapewniły mu na zawsze miejsce w narodowym panteonie: "Bóg mi powierzył honor Polaków, Jemu go tylko oddam".

Na początku lat 60. XIX w. odbywały się w Warszawie manifestacje patriotyczne, organizowane przez różne środowiska polityczne z okazji rocznic wydarzeń, które w szczególny sposób zaznaczyły się w dziejach Polski. Pierwszym od wielu lat wspólnym wystąpieniem mieszkańców stolicy był pogrzeb Katarzyny Sowińskiej (11. czerwca 1860 r.), wdowy po gen. Józefie Sowińskim, bohaterskim obrońcy Woli we wrześniu 1831 roku.

W dniu 25. lutego 1861 r. namiestnik Michaił Gorczakow uniemożliwił przeprowadzenie pokojowej manifestacji z okazji 30. rocznicy bitwy pod Olszynką Grochowską. W odpowiedzi na ten nieprzyjazny gest wobec Polaków Józef Narzymski, członek Towarzystwa Rolniczego, którego zjazd odbywał się w Warszawie, zamówił na 27. lutego w kościele karmelitów na Lesznie nabożeństwo w intencji Narodu. Po mszy rzucił hasło do przejścia pod Zamek Królewski i pomnienie się o rodaków więzionych w Cytadeli i na Pawiaku. W odpowiedzi na apel Narzymskiego część osób biorących udział w mszy wyruszyła Lesznem i Długą w kierunku Zamku, niosąc krzyż, wizerunek Matki Boskiej Częstochowskiej oraz chorągwie kościelne. Po drodze do idących przyłączyła się grupa studentów warszawskiej Szkoły Sztuk Pięknych oraz Akademii Medyko–Chirurgicznej, a także wielu mieszkańców Warszawy. Zamek ochraniany był przez Kozaków, którym Gorczakow polecił rozproszyć manifestację bez użycia broni palnej. Wykonując jego rozkaz Kozacy posłużyli się nahajkami, a w trakcie szamotaniny, która się wywiązała, próbowali odebrać manifestującym krzyż oraz kopię cudownego obrazu. W odpowiedzi rozsierdzony tłum obrzucił ich cegłami i grudami zamarzniętego błota; wkrótce z przewróconych dorożek zaczęto tworzyć barykadę uliczną. Po pewnym czasie naprzeciwko niej zajęła pozycje wezwana pospiesznie na miejsce zajść rota rosyjskiego pułku piechoty. Jej dowódca, wbrew poleceniom Gorczakowa, podjął decyzję o użyciu broni. W wyniku ataku Rosjan kilka osób odniosło rany, a pięć zostało zabitych: Filip Adamkiewicz – czeladnik krawiecki, Michał Arcichiewicz – uczeń gimnazjum realnego, Karol Brendel – robotnik metalowiec oraz Marceli Paweł Karczewski i Zdzisław Rutkowski – ziemianie. Po uspokojeniu sytuacji dla zamanifestowania uczucia bólu i sprzeciwu wobec rosyjskiej przemocy ciała ofiar obnoszono po Krakowskim Przedmieściu, a następnie wystawiono na widok publiczny w Hotelu Europejskim oraz w domu Andrzeja Zamoyskiego, prezesa Towarzystwa Rolniczego. W nocy trumny z ciałami przeniesiono do kościoła św. Krzyża i ustawiono na katafalkach obitych czarną materią. Na każdej trumnie spoczywała gałąź palmowa i cierniowa korona. Ściany kościoła zostały wyłożone kirem.

Pogrzeb Pięciu Poległych odbył się 2. marca na cmentarzu Powązkowskim. W uroczystościach żałobnych, które przebiegły w niezwykle podniosłej, patriotycznej atmosferze, uczestniczyło kilkadziesiąt tysięcy osób.

FORTEPIAN CHOPINA
W sierpniu 1863 roku wojskowy naczelnik Warszawy z ramienia Rządu Narodowego, Ignacy Chmieleński, podjął decyzję o przeprowadzeniu zamachu na namiestnika Królestwa Polskiego generała Fiodora Berga. Wykonanie zamachu, który zaplanowano na 19. września, powierzono doświadczonym bojownikom, Włodzimierzowi Lempke i Pawłowi Landowskiemu. W ustalonym dniu z poddasza Pałacu Zamoyskich na Nowym Świecie zrzucili oni kilka ładunków wybuchowych na powóz, którym Berg jechał na Zamek Królewski. Namiestnik wyszedł jednak z opresji bez szwanku, wybuch zranił towarzyszącego mu adiutanta oraz dwa konie żołnierzy eskorty.

Rosjanom nie udało się schwytać bezpośrednich sprawców zamachu, dlatego swą ślepą zemstę skierowali na osoby, które mieszkały bądź przebywały w pałacu oraz na pałacowe sprzęty i wyposażenie. Za rzekomy udział w spisku został aresztowany, a następnie skazany na 8 lat ciężkich robót Stanisław Antoni Zamoyski. Wszystkich mężczyzn przewieziono do Cytadeli Warszawskiej i poddano wielotygodniowemu, brutalnemu śledztwu. Żołnierze rosyjscy wyrzucili z mieszkania Izabeli Barcińskiej, młodszej siostry Fryderyka Chopina, a następnie spalili fortepian należący niegdyś do kompozytora, jak również wiele cennych pamiątek po nim gromadzonych przez lata przez jego starszą siostrę, Ludwikę Jędrzejewiczową (barbarzyński akt zniszczenia instrumentu znalazł swoje artystyczne odzwierciedlenie w strofach wiersza Cypriana Kamila Norwida „Fortepian Szopena”). Rosjanie zrabowali rodzinne srebra Zamoyskich oraz rodową biżuterię, obrazy i gobeliny, a nawet co cenniejszą odzież. Zniszczyli też księgozbiór oraz przygotowane do druku prace mieszkającego w pałacu sławnego polskiego orientalisty Józefa Szczepana Kowalewskiego. Meble oraz pozostałe wyposażenie zostało spalone na stosie, który zapłonął w pobliżu pomnika Mikołaja Kopernika.

Fryderyk Chopin zmarł 17. października 1849 roku w swoim mieszkaniu przy placu Vendôme w Paryżu. Odszedł w gronie najbliższych osób, wśród których była jego siostra, Ludwika Jędrzejowiczowa, przybyła wraz z córką do Paryża oraz jego wieloletni przyjaciel, Wojciech Grzymała. Niemiecki kompozytor, Robert Schumann, na wieść o zgonie Chopina wykrzyknął: „Dusza muzyki przeleciała nad światem”. Cyprian Kamil Norwid zamieścił w paryskim „Dzienniku Polskim” prosty, wzruszający nekrolog: ”Rodem Warszawianin, sercem Polak, a talentem świata obywatel Fryderyk Chopin, zszedł z tego świata […]”.

W ostatnich chwilach swego życia Fryderyk prosił kilkakrotnie siostrę: ”Zabierz moje serce do Polski”. Pogrzeb Chopina odbył się 30. października na cmentarzu Père-Lachaise w Paryżu. Jakiś czas potem Ludwika udała się w drogę powrotną do Warszawy, wioząc ze sobą słój z sercem Fryderyka zatopionym w alkoholu. Obawiała się szczegółowej rewizji na austriacko - rosyjskiej granicy – rodzina Chopinów od lat pozostawała obiektem szczególnego zainteresowania carskiej policji, która z pewnością zarekwirowałaby podejrzany „rekwizyt”. Udało się jej jednak bez problemów przekroczyć kordon i dotrzeć bezpiecznie do Warszawy. Przez krótki czas słój stał w jej mieszkaniu na Podwalu, a po kilku tygodniach serce kompozytora zamknięte w dwóch małych urnach - ołowianej i drewnianej - zostało wmurowane w niszę wykutą w drugim filarze po lewej stronie nawy głównej kościoła św. Krzyża. Położono tam również tablicę z inskrypcją stanowiącą cytat z Ewangelii św. Mateusza „Gdzie skarb twój, tam i serce twoje" oraz napisem „Tu spoczywa serce Fryderyka Chopina". W 1880 roku nad miejscem spoczynku serca kompozytora umieszczono zamówiony przez Ludwikę Jędrzejowiczową pomnik - nagrobek wykuty w marmurze kararyjskim przez Leonarda Marconiego, bratanka słynnego architekta, Henryka. Pomnik opatrzony został wspomnianym cytatem, inskrypcją: „Fryderykowi Chopinowi – Rodacy” oraz napisem informującym o dacie i miejscu jego narodzin oraz śmierci. Na opłacenie kosztów wykonania pomnika przeznaczono dochód ze specjalnego koncertu zorganizowanego przez Towarzystwo Muzyczne Warszawy z inicjatywy jego prezesa, Władysława Żeleńskiego.

W pierwszych dniach Powstania Warszawskiego do kościoła Św. Krzyża przybył katolicki kapelan wojsk niemieckich, ksiądz Schultze, wielki entuzjasta twórczości Chopina, oferując swą pomoc w wywiezieniu z kościoła serca kompozytora i uratowania go w ten sposób przed niechybnym zniszczeniem. Przez ponad miesiąc serce przebywało najprawdopodobniej w siedzibie sztabu wojsk niemieckich, która mieściła się w Domu Piłsudskiego przy Krakowskim Przedmieściu.

Dnia 9. września do siedziby ówczesnego zarządcy archidiecezji warszawskiej, ks. arcybiskupa Antoniego Szlagowskiego, rezydującego w Milanówku, przybyło dwóch oficerów niemieckich z informacją, że dowódca wojsk pacyfikujących powstanie, generał SS i Policji Erich von dem Bach - Zelewski oczekuje arcybiskupa, aby uroczyście przekazać mu urnę z sercem Fryderyka Chopina. Ksiądz arcybiskup w towarzystwie księży Jana Michalskiego oraz Jerzego Modzelewskiego udał się na ulicę Wolską w Warszawie, do siedziby niemieckiej firmy Elibor, gdzie mieściła się kwatera Bacha. Tam podczas starannie wyreżyserowanej przez Niemców „uroczystości” odebrał z jego rąk bezcenną narodową relikwię, po czym księża bezzwłocznie powrócili na plebanię w Milanówku.

W protokole sporządzonym tego dnia wieczorem, a podpisanym przez ks. arcybiskupa Szlagowskiego i ks. Modzelewskiego, stwierdzono m.in., że „[…] Dnia 9 września 1944 r. o godz. 5:30 po południu przy ulicy Wolskiej, generał niemiecki von den Bach w obecności gubernatora warszawskiego Fischera i wicegubernatora Kellera oraz ks. dr. Jerzego Modzelewskiego i ks. Karola Milika wręczył osobiście serce F. Chopina znajdujące się w szklanym naczyniu w czarnej kasecie i drewnianym pudełku Jego Ekscelencji ks. Antoniemu Szlagowskiemu zarządzającemu archidiecezją warszawską. Kaseta z sercem pochodzi z kościoła św. Krzyża w Warszawie”. Przez kilka dni ks. arcybiskup przechowywał urnę w swym prywatnym gabinecie, pełniącym również rolę domowej kaplicy. Później była ona ukrywana w domach zaufanych parafian, a także – przez krótki czas - w szpitalu miejskim w Sochaczewie, gdyż ks. arcybiskup nie dowierzał Niemcom i bał się zmiany ich decyzji. 17. października 1945 roku – w 96. rocznicę śmierci Fryderyka Chopina – jego serce, odwiedziwszy wcześniej Żelazową Wolę, powróciło do świętokrzyskiej świątyni.

DNI KRWI I CHWAŁY
Podczas oblężenia Warszawy we wrześniu 1939 roku wskutek ostrzału artyleryjskiego poważnym zniszczeniom uległy dach, sklepienie i mury górnego kościoła. W czasie jednego z nalotów w wyniku eksplozji pocisku lotniczego w świątyni zginęły 3 osoby, wybuch zniszczył też obrazy z wielkiego ołtarza oraz z ołtarza Najświętszego Sakramentu. Do końca walk o miasto w dolnym kościele funkcjonował szpital polowy. Wkrótce po kapitulacji stolicy, 3 października 1939 roku, gestapo aresztowało i osadziło na dwa tygodnie na Pawiakiu wszystkich księży parafii świętokrzyskiej.

W dniu 7. lutego 1944 roku niemiecka żandarmeria pod pozorem poszukiwania konspiracyjnej prasy i wydawnictw przeprowadziła rewizję w kościele, zakrystii i na poddaszach Domu Świętokrzyskiego. Pomimo tego, że Niemcy nie znaleźli żadnych śladów nielegalnej działalności, aresztowali i przewieźli na Pawiak 21. księży . Dzięki interwencji arcybiskupa Szlagowskiego wkrótce zwolniono 6. z nich, pozostałych wysłano do obozu Gross-Rosen, gdzie 8. kapłanów zmarło.

Od pierwszych dni Powstania Warszawskiego wokół kościoła św. Krzyża toczyły się zacięte walki. W dniu 5. sierpnia, po celowym podpaleniu przez Niemców konwiktu, pożar strawił znaczną część górnej kondygnacji. 23. sierpnia kościół został zdobyty przez oddziały powstańcze, stając się dla nich bazą wypadową do ataków na pozycje niemieckie, m.in. warszawską Komendę Policji. W odwecie Niemcy rozpoczęli zmasowany ostrzał kościoła pociskami artyleryjskimi, co spowodowało pożar i zniszczenie Domu Świętokrzyskiego, wieży północnej oraz dachu świątyni, a także Ołtarza Najświętszego Sakramentu i św. Rocha oraz kaplicy Najświętszej Maryi Panny. W toku ciężkich walkach, które toczyły się w dniach 4-5 września, Niemcy wyparli powstańców z kościoła, a 6. września wprowadzili do jego wnętrza dwa "goliaty" – zdalnie sterowane miny, mogące przenosić do 100. kg ładunków wybuchowych. Ich detonacja spowodowała załamanie się sklepienia nad dolnym kościołem oraz zupełne zniszczenie wielkiego ołtarza, ołtarzy św. Rocha i św. Wincentego, a także rozbicie fasady świątyni i wejścia głównego. Stojąca przed nim figura Chrystusa runęła na bruk. W końcu października Niemcy wywieźli ją oraz pomnik Mikołaja Kopernika ze zrujnowanego miasta z zamiarem przetopienia obu monumentów na terenie Rzeszy, jednak ostatecznie zostały one przez nich porzucone w jednej ze wsi na opolszczyźnie. Po zakończeniu działań wojennych przewieziono je z honorami do Warszawy i poddano renowacji. Figura Zbawiciela ponownie stanęła przed kościołem św. Krzyża 19 lipca 1945 roku.

W styczniu 1945 roku, na krótko przed opuszczeniem Warszawy, Niemcy dokonali ostatecznego zniszczenia kościoła, wysadzając w powietrze ocalałe fragmenty budowli. Mimo to, już następnego dnia po wejściu do miasta oddziałów Wojska Polskiego, na jego gruzach została odprawiona pierwsza msza święta. W marcu w zabudowaniach fabryki Lilpopa na Woli odnaleziono kościelne dzwony.

W dniu 4. listopada 1956 roku, po raz pierwszy po trzech latach internowania, w mszy świętej odprawianej w świętokrzyskim kościele uczestniczył ks. kardynał Stefan Wyszyński. Tysiące wiernych zgromadzonych w świątyni wysłuchało jego poruszającego kazania, wiele osób nie mogło powstrzymać łez.