„Oby Bóg Wam wybaczył to, coście uczynili!” Tymi słowami, na poły żartobliwie, na poły wyrażając w ten sposób swe wątpliwości i obawy, Franciszek zwrócił się do kardynałów po wybraniu go na Stolicę Piotrową 13 marca 2013 r.
„Buonasera” – zawołał z okna papieskiego na powitanie wiwatujących tłumów, a więc - nie wypowiedział sakramentalnych przy tej okazji słów: „Niech będzie pochwalony Jezus Chrystus”. Trudno nie zgodzić się z opinią, że wiele jego decyzji, planów, gestów i słów budzi zarówno w samym Kościele, jak i wśród wiernych niemałe kontrowersje.

Wątpliwości dotyczą m. in. kwestii rozgrzeszania i zdejmowania ekskomuniki z kobiet, które dokonały aborcji, ewentualnej komunii świętej dla rozwodników, czy też jego postawy jako głowy zachodniego Kościoła wobec problemu przyjmowania islamskich uchodźców. Na ten temat pisał w jednym ze swoich przesłań: „My, chrześcijanie, musimy przyjmować islamskich imigrantów przybywających do naszych krajów, życzliwie i z szacunkiem – tak, jak sami chcielibyśmy być witani i szanowani w krajach o tradycji islamskiej”. W innej z wypowiedzi stwierdził natomiast: „Musimy dać jasno do zrozumienia, że rozwodnicy nie są ekskomunikowani”. W skrajnych przypadkach papieża oskarża się o szerzenie herezji, odchodzenie od fundamentalnych, uświęconych tradycją zasad wiary. Jednocześnie światowe media, nawet te programowo niechętne Kościołowi, podobnie jak wielu socjologów, informują o fenomenie »efektu Franciszka«, który powoduje, że w wielu krajach na niedzielnej mszy świętej pojawiają się osoby, które wcześniej – w swoim odczuciu - nie były mile widziane w kościele. Prezentując określoną postawę wobec kluczowych problemów nękających współczesny świat, Franciszek w krótkim czasie stał się osobistością niezwykle popularną, a nawet – co znamienne -ikoną popkultury: został człowiekiem roku tygodnika „Time” i trafił na okładkę magazynu „Rolling Stone” (sic!) oraz na listę kandydatów do pokojowej Nagrody Nobla. Nie jest jednak tajemnicą, że o ile – jak relacjonuje światowa prasa - poza murami Watykanu papież Franciszek cieszy się popularnością tzw. mas oraz liberalnych polityków i mediów, to jednocześnie jest otwarcie krytykowany przez wielu hierarchów, którym nie podoba się zarówno jego zgoła „obrazoburczy” styl sprawowania posługi papieskiej, jak i proponowane przez niego reformy. W kręgach nieprzychylnych papieżowi podkreśla się, że nie jest wybitnym teologiem, że ma zdecydowane, ale jednocześnie trywialne skłonności populistyczne, nie określa jasno swoich celów oraz zbyt lekceważąco odnosi się do kleru. Według honduraskiego kardynała Óscara Andrés Rodríguez Maradiagi z ust niektórych wpływowych hierarchów biorących udział w konklawe można obecnie usłyszeć pełne goryczy słowa: „Popełniliśmy straszny błąd”.